本監於清朝雍正十年成立，至今已逾280年歷史，是北台灣最早的監獄，乾隆二十一年（一七五六年）將監獄興建於淡水廳署西南畔，也就是今天的中央市場、土地銀行新竹分行和柯芳美香舖一帶。

       日本據台後，將原清代新竹監獄改稱為「新竹假監獄」。光緒二十二年（一八九六年）三月因風雨崩壞，四月新竹支廳長請新築建，六月總督規定監獄名稱及位置，改稱為「新竹監獄」，七月制定看守採用規則。光緒二十三年（一八九七年）曾經辦理「特赦」。新竹監獄並曾委託真宗本願寺僧侶，一九○○年由日本和尚每星期施予教誨兩次，是新竹監獄教誨工作的開始。

       民國十三年遷移到延平路新竹少年監獄現址後，關的人犯以十八歲以下為主。除了有教誨師教誨外，平時提供技藝訓練，以種田為主，今天的棒球場、磐石中學過去都是稻田，是受刑人耕作地區；其次是學習裁縫手藝。

       民國十一年改為新竹少年刑務所，十三年三月舉行新建舍竣工，民國13年3月「新竹少年刑務所」落成，並於民國15年10月16日由新竹廳舉行入所儀式，民國34年臺灣光復後改名為「臺灣新竹監獄」。民國37年5月7日改名為「臺灣新竹少年監獄」並附設收容人學歷甄試教育、勵德補習學校、國民中小學分校等，使失學少年得以順利完成學業及習得一技之長，俾利出監後就業謀生。為貫徹教育刑之理念，民國88年7月1日法務部設立誠正中學暨明陽中學二所少年矯正學校，本監又復名為「臺灣新竹監獄」。民國100年1月1日法務部矯正署成立，本監奉令改制為「法務部矯正署新竹監獄」。